論文包括標題，摘要，目錄，正文，感謝文，備查，附錄等多個部分。大學生撰寫的畢業論文要嚴格按照學校規定的要求撰寫，而且學校對論文原創性的要求也很嚴格，最后還會對論文進行把關。論文查重就是對論文的抄襲程度進行查重，要求人人寫出某一篇原創性的論文，并對論文質量進行把關。但是，很多同學都想知道，每一部分是不是都要重來一遍，因為論文里的部分實在太多了。如附錄部分，對部分專業論文影響較小，是否在查重范圍之內？PaperKeey是一款提高論文寫作效率的輔助工具，集查重、自動改重、在線同步改、實時查重于一身，是一款能夠自動進行改重的論文查重系統。
關于論文的附錄有沒有重復，國內的論文查重行業并沒有統一明確的規定，因此要看本校的具體細則。可先向校方核實，向老師詢問或在學校官網上進行咨詢。如果學校明確規定論文的附錄部分要進行查重，那么在寫作時就應該重視附錄部分，提高其原創性，這樣才能保證在查重的時候不至于讓重復率升高。
一般高校都會對論文的重要部分進行查重，如摘要、關鍵詞、正文等內容，對論文目錄、參考文獻重復率等不會進行查重，因此高校會對論文的格式要求進行規定。論文上傳到查重系統后，系統會將沒有進行查重的部分，如目錄、參考文件等，按照格式自動識別出論文的各個部分。
如果上傳的論文有附錄，也在查重之列，但要看學校具體規定，是否會在查重中進行過濾或化驗。